Según Mgamerz, es probable que los mods existentes no sean compatibles con la remasterización Mass Effect: Legendary Edition. El entusiasta señaló que por «mods existentes» se refiere a aquellos con paquetes de archivos en formatos .pcc, .upk, .u y .sfm, los cuales representan la mayoría de las modificaciones.
«Nuestros archivos están vinculados a versiones específicas de Unreal Engine 3 que utilizó BioWare. Además, cada juego de la trilogía utiliza su propia versión de Unreal Engine 3 con ajustes adicionales de BioWare, a lo que se suma que Epic Games también desarrolló y dio soporte al motor. Los mods solo funcionarán con la remasterización si BioWare no cambia absolutamente nada», afirma Mgamerz.
La situación también se complica por el hecho de que muchos mods se crearon sobre la base de herramientas antiguas que han mejorado significativamente desde entonces.