Ubisoft no ha compartido detalles sobre la trama de Skull & Bones, lo que parece significativo, ya que durante una entrevista reciente, el director del juego, Ryan Barnard, informó que el juego no se basa en la narrativa.
«Skull & Bones – не повествовательная игра. У нас есть элементы повествования – вы встретите важных NPC Kingpins, у которых есть своя история, о которой вы узнаете по мере развития отношений с ними, заключая с ними контракты».
Директор подтвердил, что в игре есть основной сюжет, но Ubisoft хочет, чтобы искатели приключений создавали собственные истории и могли выбирать желаемый тип пирата.
Игровой процесс в Skull & Bones определяется системой Infamy, благодаря которой можно получить доступ к новым конструкциям кораблей, оружию и броне.
В Skull & Bones, кроме морских путешествий и сражений, будет много приключений на суше. Можно создавать предметы, общаться, управлять складом, улучшать корабль и капитана. Но боёв на суше не предусмотрено. Каждый корабль обладает определенными преимуществами и командой, а во время приключения можно попасть в экстремальные погодные условия.