Los periodistas elogian la atmósfera, el mundo y la forma en que Retro Studios crea tensión y una sensación de exploración de lo desconocido. Destacan la cuidada arquitectura de los niveles, los buenos rompecabezas y el equilibrio entre los elementos clásicos de la serie y las nuevas mecánicas. El aspecto visual fue valorado por el estilo artístico, no por una revolución técnica. Los combates, el ritmo del juego y los característicos "toques de Retro Studios" recibieron elogios.
Entre los inconvenientes se encuentran las simplificaciones, la pérdida de ritmo en algunos momentos y las escenas repetitivas. La trama no siempre es impresionante y la estructura les parece demasiado conservadora a algunos jugadores.
Metroid Prime 4 no es perfecto, pero ofrece una aventura atmosférica y bien pensada que gustará a los fans de la serie y a los amantes de los juegos de exploración clásicos.