Desde los primeros anuncios, el juego ha cambiado notablemente: el estilo visual se ha vuelto más oscuro y misterioso, lo que remite a las raíces del estudio, como Pathways into Darkness y la trilogía original de Marathon. Los nuevos modelos de personajes y sus apariencias muestran las ambiciones de Bungie por un diseño único de alto presupuesto.
Uno de los elementos más fuertes del juego será la elaborada narrativa y la construcción del mundo. Cada facción tiene sus propias motivaciones claras y un origen único, que se revela ya en el detallado tutorial. Para los amantes de los clásicos, se han preparado una enciclopedia dentro del juego y elementos ocultos de la trama, por ejemplo, el testamento del Dr. Strauss, que conecta la trama con el original.
En cuanto a la jugabilidad, Marathon promete ser uno de los juegos más difíciles del género: la IA agresiva, las trampas peligrosas, los costosos objetos curativos y los arriesgados combates PvP obligan a pensar y planificar constantemente. El arsenal cuenta con 28 armas únicas, cada una con al menos dos aspectos que pueden cambiar radicalmente su apariencia.