Bungie lanzó la actualización 1.0.0.4 para Marathon, en la que se rediseñó la economía de los objetos, el equilibrio de los enemigos y las armas, y se corrigieron varios problemas técnicos. Además, el parche añadió nuevos contratos e introdujo cambios en algunas zonas del juego.
En la zona "Perímetro" se ha aumentado el número de taquillas médicas y cajas de munición que aparecen. Además, los desarrolladores han aumentado la cantidad inicial de munición en los kits de patrocinio gratuitos de MIDA, CyberAcme y Arachne.
Al mismo tiempo, se redujo la frecuencia con la que los granaderos de la UESC sueltan granadas IEM.
Los enemigos de la facción UESC recibieron una pequeña reducción de salud, y los jefes, una reducción en la reserva de escudo. Según los desarrolladores, esto debería reducir el consumo de recursos en los combates, sin hacer que los oponentes sean demasiado fáciles.
Para el personaje Rook, se corrigieron los errores relacionados con la desaparición de las mochilas durante la evacuación y la visualización de la posición en el mapa. Además, se ha aumentado la reputación de CyberAcme por una evacuación exitosa con este personaje, y la bonificación de reputación ahora coincide con la que reciben los jugadores en solitario.