A pesar de tener un tablero de investigación, como en Alan Wake 2, la trama es más sencilla. El jefe de Fumi Games, Mateusz Michalak, dijo:
Aunque en algunos casos puedes explorar los niveles y completar casos individuales en el orden que elijas, la historia en Mouse: P.I. For Hire sigue siendo relativamente lineal. ¡Pero eso no significa que no puedas llegar a conclusiones erróneas! Al reunir pistas y pruebas, puedes pensar que sabes las respuestas y cómo terminará todo, pero te esperan varios giros argumentales por el camino…
El desarrollador también explicó cómo están organizadas las ubicaciones:
La mayoría de los niveles en Mouse: P.I. For Hire deben visitarse para completar la historia principal, así que sí, ¡estarás en todos! Hay misiones adicionales, pero normalmente se realizan en los mismos niveles, no en lugares nuevos separados.
El juego combina una trama lineal con elementos de investigación, donde los errores del jugador no rompen el juego, pero influyen en la percepción de la historia.