Según la filtración, la acción del juego se desarrollará en 2039, 25 años después de la guerra nuclear. Los supervivientes aún viven en los túneles del metro de Moscú, pero la situación está cambiando: diferentes facciones están unidas por un líder: el fanático espartano Hunter. Sin embargo, en lugar de paz, establece un régimen basado en la propaganda, el miedo y la preparación para la guerra por la superficie.
En el centro de la historia también estará el Misterioso Desconocido, que vive lejos de la ciudad y sufre terribles pesadillas. Cuando el pasado le obliga a salir de su escondite, se dirige a la destruida Moscú y regresa al Metro, un lugar que intentaba evitar.
A juzgar por la descripción, 4A Games conserva los elementos clave de la serie. Metro 2039 seguirá siendo un shooter de un solo jugador centrado en la historia, con énfasis en la supervivencia, la exploración, el sigilo y el combate en un mundo peligroso.