Habrá batallas, pero principalmente se le mostrará al jugador un cómic digital animado. La historia se puede ver como una novela gráfica interactiva.
El productor Takeshi Yamanaka explicó que el estudio decidió rendir homenaje a las raíces de los cómics de Marvel de esta manera. Los desarrolladores querían "dar vida a las imágenes estáticas" agregando animación, sonido y soporte para las funciones de DualSense.
La trama del modo Episodios contará la historia del torneo Challenge of the Champion, organizado por el misterioso personaje The Promoter. La historia, según se informa, se dividirá en cinco episodios de dos horas, dedicados a diferentes equipos de héroes.
También se promete a los jugadores doblaje en diez idiomas y ajustes de velocidad de desplazamiento de escenas.
Arc System Works ya utilizó un enfoque similar en Guilty Gear Strive, donde la historia se presentaba en formato de anime completo. Sin embargo, el modo principal de Marvel Tokon seguirá siendo el juego de lucha multijugador.