El jefe de la serie The Legend of Zelda, Eiji Aonuma, reveló que Nintendo estaba trabajando en una secuela directa de The Wind Waker, pero finalmente abandonó el proyecto. La razón fue la reacción negativa de algunos jugadores de Norteamérica al estilo visual de dibujos animados del juego.
Originalmente, la secuela iba a mantener los gráficos cel-shaded, pero después de analizar las ventas y los comentarios en Nintendo of America, los desarrolladores cambiaron sus planes. Según Aonuma, le explicaron que la imagen de Link como un personaje de dibujos animados daba la impresión de que era un juego para niños y ahuyentaba a los adolescentes, la audiencia principal de la serie en ese momento.
Después de eso, se decidió crear un juego más realista. Shigeru Miyamoto inicialmente se mostró escéptico ante la idea, sugiriendo primero probar cómo funcionarían las nuevas mecánicas, incluidas las batallas a caballo, en un mundo más realista.
Así nació el proyecto The Legend of Zelda: Twilight Princess. Más tarde, los artistas señalaron que las proporciones de Toon Link no eran adecuadas para montar a caballo, y el nuevo diseño del héroe ayudó a implementar las ideas concebidas. En el E3 2004, el tráiler de Twilight Princess fue recibido con una ovación de pie por parte de la audiencia.