Los eventos comenzarán después de que los robots Josef y Berta abandonen Machinarium y se estrellen en el páramo. Allí descubrirán un valle oculto con dos asentamientos, cuyos habitantes se enfrentan a la escasez de energía.
La principal novedad será la posibilidad de controlar a ambos héroes y cambiar entre ellos en cualquier momento. Cada robot tiene sus propias habilidades, y para resolver algunos rompecabezas será necesario usar a ambos. El juego nuevamente no tendrá diálogos habituales: los personajes se comunican mediante burbujas animadas, símbolos y gestos.
Los desarrolladores mantendrán el estilo dibujado a mano del original y la música de Tomáš Dvořák, conocido como Floex. La secuela incluirá soporte para controladores.
El juego ya tiene una página en Steam. La fecha de lanzamiento aún no ha sido anunciada.