Действие разворачивается в Индийском океане во времена Второго золотого века пиратства, ведь регион считается одним из самых богатых в мире благодаря тому, что простирается от Африки до Индии. Именно это и хотели воспроизвести в игре сингапурские разработчики, а также образ жизни жителей того времени.
Skull and Bones вдохновлена реальным историческим периодом, но в игре будет много вымышленных локаций, которые намекают на существовавшие места.
Одна из них - Красный остров. Разработчики утверждают, что он вдохновлен Мадагаскаром. Когда игроки решат здесь остановиться и отправиться на запад, они смогут встретить диких животных, таких как лемуры и бегемоты.
В игре Ubisoft не обошлось без форпостов. Один из них - Затерянный город (Lost City of Prey), вдохновленный руинами камбоджийского храма Ангкор-Ват.
Целью разработчиков было создать живой мир, полный разных людей. Поэтому, чтобы показать их и то, что ждёт игроков уже во время бета-тестирования, Ubisoft опубликовала видео.