«Skull & Bones no es un juego narrativo. Tenemos elementos narrativos: conocerán a NPC importantes, los Kingpins, que tienen su propia historia, la cual irán descubriendo a medida que desarrollen su relación con ellos al firmar contratos».
El director confirmó que el juego tiene una trama principal, pero Ubisoft desea que los aventureros creen sus propias historias y puedan elegir el tipo de pirata que quieren ser.
La jugabilidad en Skull & Bones se rige por el sistema Infamy, gracias al cual es posible acceder a nuevos diseños de barcos, armas y blindaje.
En Skull & Bones, además de viajes marítimos y batallas, habrá muchas aventuras en tierra firme. Se podrán fabricar objetos, socializar, gestionar el almacén, mejorar el barco y al capitán. Sin embargo, no se contemplan combates en tierra. Cada barco cuenta con determinadas ventajas y tripulación, y durante la aventura es posible toparse con condiciones climáticas extremas.