Los desarrolladores de Pearl Abyss tuvieron en cuenta los comentarios de la comunidad y añadieron un sistema de niveles de dificultad, en respuesta a las quejas sobre combates contra jefes demasiado difíciles.
También mejoraron la gestión del inventario y añadieron un nuevo detalle: el protagonista Cliff ahora puede domesticar aves, que se convierten en sus compañeras.
Pero junto con el contenido apareció en el juego un error grave que afectó a los coleccionistas. Los jugadores informan masivamente que, tras instalar el parche, desaparecieron de sus cuentas las monturas exóticas. Se trata de criaturas raras, osos blancos y lobos, que en muchos casos fueron sustituidos por caballos comunes. Parece que este es un efecto secundario no intencionado de la actualización.
El problema todavía no ha sido incluido en la lista de errores conocidos en el sitio web del desarrollador, pero los jugadores esperan una reacción rápida. El estudio es conocido por escuchar atentamente a la comunidad y corregir los problemas con rapidez.