El autor del canal de YouTube TheKempy mostró contenido que permite reconstruir la dirección del proyecto antes del reinicio bajo la dirección de Neil Druckmann y Bruce Straley. La filtración incluye escenas que no llegaron a la versión final y una historia más oscura sobre un tesoro pirata.
Sam Drake, en la versión temprana, era un personaje mucho menos positivo: un rival moralmente inestable que, durante la mayor parte de la trama, colaboraba con Rafe contra su propio hermano.
El propio antagonista Rafe también era diferente: en la versión de Hennig, se le muestra como un mercenario agresivo, no como un hombre rico y calculador. Elena debía desempeñar un papel más prominente al principio de la historia, acompañando a Nate en Londres y Escocia, y Charlie Cutter seguía siendo un personaje secundario importante.
Entre las mecánicas planeadas se incluían elementos de supervivencia: pesca, encender hogueras, construir balsas, sigilo social con disfraces e infiltración en eventos sociales, interrogatorios a oponentes y combate sin armas de fuego. También había ideas con recuerdos de 1695, donde el jugador controlaba a Henry Avery en batallas navales.
La mayoría de los sistemas fueron eliminados debido a la falta de recursos y al desarrollo paralelo de The Last of Us, pero algunas ideas se mantuvieron en la versión final: Libertalia, Avery, la mecánica de escalada con cuerda y Madagascar.