Los jugadores se infiltran en territorios protegidos, evitan trampas y patrullas. El proyecto admite el modo individual, pero se hace hincapié en el cooperativo de cuatro personas.
El elemento clave es el «Perseguidor» invulnerable. No se le puede vencer: ser atrapado significa la muerte. La presión constante obliga a tomar decisiones rápidas: esconderse, moverse silenciosamente o correr hacia el punto de evacuación.
Cada shinobi tiene sus propias habilidades ninjutsu: gancho para escalar a las alturas, destrucción de muros, cortinas de humo, petardos de distracción. El éxito depende de la distribución de roles y la coordinación. Los jugadores podrán revivir a sus aliados, transportarlos y activar dispositivos simultáneamente.
Por completar misiones se desbloquea nuevo equipamiento y montajes. Cuanto más se avanza, más difíciles son las tareas.