Журналисты хвалят атмосферу, мир и то, как Retro Studios создаёт напряжение и чувство исследования неизведанного. Отмечают продуманную архитектуру уровней, хорошие головоломки и баланс между классическими элементами серии и новыми механиками. Визуальную составляющую оценили за художественный стиль, а не за техническую революцию. Похвалу получили боевое взаимодействие, темп игры и характерные «штрихи Retro Studios».
Среди минусов — упрощения, местами потеря темпа и повторяющиеся сцены. Фабула не всегда впечатляет, и структура для некоторых игроков кажется слишком консервативной.
Metroid Prime 4 не безупречна, но предлагает атмосферное и продуманное приключение, которое понравится фанатам серии и любителям классических исследовательских игр.