Несмотря на наличие доски расследований, как в Alan Wake 2, сюжет устроен проще. Глава Fumi Games Матеуш Михалак рассказал:
Хотя в некоторых случаях вы можете исследовать уровни и проходить отдельные дела в выбранном порядке, история в Mouse: P.I. For Hire остаётся относительно линейной. Но это не значит, что вы не можете прийти к неправильным выводам! Собирая улики и доказательства, вы можете думать, что знаете ответы и чем всё закончится, но по пути вас ждёт несколько сюжетных поворотов…
Разработчик также пояснил, как устроены локации:
Большинство уровней в Mouse: P.I. For Hire нужно посетить для прохождения основной истории – так что да, вы побываете на всех! Есть дополнительные задания, но обычно они выполняются на тех же уровнях, а не в отдельных новых местах.
Игра сочетает линейный сюжет с элементами расследования, где ошибки игрока не ломают прохождение, но влияют на восприятие истории.