По утечке, действие игры развернётся в 2039 году, спустя 25 лет после ядерной войны. Выжившие всё ещё живут в туннелях московского метро, но ситуация меняется: разные фракции объединяет один лидер – фанатичный спартанец Хантер. Однако вместо мира он устанавливает режим, основанный на пропаганде, страхе и подготовке к войне за поверхность.
В центре истории также окажется Таинственный Незнакомец, живущий вдали от города и страдающий от жестоких кошмаров. Когда прошлое вынуждает его выйти из укрытия, он отправляется в разрушенную Москву и возвращается в Метро, место, которого пытался избежать.
Судя по описанию, 4A Games сохраняет ключевые элементы серии. Metro 2039 останется сюжетным одиночным шутером с акцентом на выживание, исследование, стелс и бой в опасном мире.