Автор YouTube-канала TheKempy показал контент, который позволяет восстановить направление проекта до перезапуска под руководством Нила Дракманна и Брюса Стрейли. В утечке — сцены, не попавшие в финальную версию, и более мрачная история о пиратском сокровище.
Сэм Дрейк в раннем варианте был гораздо менее положительным персонажем: морально нестабильный соперник, который большую часть сюжета сотрудничал с Рейфом против собственного брата.
Сам антагонист Рейф также был другим — в версии Хенниг он показан как агрессивный наёмник, а не богатый и расчётливый человек. Елена должна была играть более заметную роль в начале истории, сопровождая Нейта в Лондоне и Шотландии, а Чарли Каттер оставался важным второстепенным персонажем.
Среди механик планировались элементы выживания: рыбалка, разведение костра, строительство плотов, социальный стелс с маскировкой и проникновением на светские мероприятия, допросы противников и бой без огнестрельного оружия. Также были идеи с воспоминаниями 1695 года, где игрок управлял Генри Эйвери в морских сражениях.
Большую часть систем убрали из-за нехватки ресурсов и параллельной разработки The Last of Us, но часть идей сохранилась в финальной версии — Либерталия, Эйвери, механика лазания с верёвкой и Мадагаскар.